A quarta divisão do futebol brasileiro foi criada no ano de 2009 e o Treze esteve entre os fundadores no grupo 3, não passou da primeira fase, ficando em terceiro quando avançavam somente os dois primeiros do grupo. Já em 2010, foi líder do seu grupo e na segunda fase caiu para o Araguaína-TO, após dois empates em jogos mata-mata.
Em 2011, fez brilhante campanha, na primeira fase classificou como segundo num grupo com cinco times, eliminou a Santa Cruz-RN nas oitavas de final pelo placar agregado de 6 a 1, sendo eliminado no mata-mata do acesso após dois empates contra o Santa Cruz- PE, 0 a 0 em Campina Grande e 3 a 3 em Recife. Terminando em 5º colocado na competição.
No entanto, o Rio Branco-AC foi excluído da série C pela CBF e o Treze herdou a vaga após longa briga judicial, vindo a disputar a série C do brasileirão nos anos de 2012, 2013, quando quase ascendendo para a série B e 2014.
Retornando para a série D em 2015, não passou da primeira fase, ficando em terceiro do grupo, mas a ressaca do rebaixamento se agravou, chegando a ficar sem disputar nenhuma divisão nacional nos dois anos seguintes, de 2016 e 2017.
Com a energia recarregada, em 2018 o Galo não apenas voltou a disputar a série D, como também foi o ano da sua melhor campanha na competição, terminando com vice-campeão do campeonato brasileiro e o acesso para a terceira divisão nacional, disputando a série C nos anos de 2019 e 2020.
Em 2021, a escrita se repetiu após o rebaixamento, mais uma péssima campanha, a pior de todas, acumulando nove empates, ficou em sétimo do grupo, não avançou para a próxima fase e ficou novamente dois anos seguidos (2022 e 2023) sem conquistar a vaga via estadual, para disputar o brasileirão.
Novamente, após período de reorganização, voltou forte no ano passado (2024), batendo na trave para o acesso, após realizar uma brilhante campanha ao longo da competição, sendo líder do grupo C da primeira até a última rodada, eliminado nos mata-matas os times do Asa-AL e Altos-PI, sendo eliminado no jogo do acesso para o Itabaiana-SE, mesmo com o artilheiro da série D, Thiaguinho com 10 gols.
Neste ano de 2025 será a 17ª edição do campeonato brasileiro da série D e a 8ª vez que o Treze Futebol Clube vai disputar. O Alvinegro está no grupo A3, com Santa Cruz e Central de Pernambuco, de Natal tem o Santa Cruz e o América, o Ferroviário e o Horizonte-CE, Sousa-PB. A estreia do Galo será contra a Cobra Coral, no dia 20 em Campina Grande-PB.
Da redação.
